חלק א׳ ממעל אמר:
להגרח קניבסקי יש עשרות ספרים
מחיבוריו
(בשיתוף עם רבי אלעזר צדוק טורצין), שונה הלכות - קיצור פסקי המשנה ברורה והחזון איש
שערי אמונה - ביאורים וחידושים על המשניות שבסדר זרעים
דרך אמונה - ספר הערוך במתכונת המשנה ברורה על הלכות זרעים בספר משנה תורה לרמב"ם, 5 כרכים.
דרך חכמה - ספר הערוך במתכונת המשנה ברורה על הלכות קדשים בספר משנה תורה לרמב"ם
שקל הקודש - פירוש על הלכות שקלים ועל הלכות קידוש החודש בספר משנה תורה
ארחות יושר - דברי מוסר, מלוקטים בעיקר מדברי חז"ל, ראשונים ואחרונים
שיח השדה - חלק א' וחלק ב' הם קובצי קונטרסים בנושאים שונים, בהם כתובת קעקע, כשרות חגבים, דברים המועילים לזיכרון ועוד. בחלקים כלולים גם קונטרסים שנדפסו בנפרד. חלק ג' הינו אוסף הערות על סדר הש"ס
נחל איתן - על הלכות עגלה ערופה, ספר זה נכתב בצעירותו בחיי דודו החזון איש ואף עבר תחת עיניו
טעמא דקרא - חידושים על התנ"ך
קרית מלך - ציוני מקורות על משנה תורה
בשער המלך - בירורים וציונים על הקדמת הרמב"ם למשנה תורה. ספר זה נדפס גם כן כחלק משיח השדה, חלק א'
ישוב הדעת - יישובים לקושיות שהניחם המהרש"א ב'ויש ליישב', נדפס כחלק משיח השדה, חלק ב'
ביאורים על המסכתות הקטנות, כגון אמת וצדק על מסכת גרים, מצרף ומטהר על מסכת כותים, קנין הגוף וקנין פירות על מסכת עבדים, ועוד
למכסה עתיק - מקומות בתנ"ך שבהם הפסוק סתום וחז"ל פירשו את הכוונה. לספר זה יצאו גרסאות מורחבות על ידי מחברים שונים.
פירוש על התלמוד הירושלמי, בעריכת חתנו הרב זליג ברוורמן. הפירוש נדפס על גיליון התלמוד הירושלמי במהדורת 'עוז והדר' וכן במהדורה מיוחדת עם הירושלמי בלבד
בהוראת אביו היה מוסיף את תואר ׳הרב׳ לשמו בספריו אולם לאחר פטירת אביו חדל מכך
הרב קניבסקי מרבה להשיב לשואליו בכל תחומי העניין התורניים. התשובות, הנשלחות בדרך כלל על גבי גלויות, הן בדרך כלל קצרות מאד וכוללות מילים בודדות בלבד מתשובותיו שבכתב ושבעל-פה התפתחה ספרות שו"ת ענפה. כמאה ספרים מכילים מדור תשובות שלו לשאלות המחברים. בין הספרים הבולטים המוקדשים לתשובותיו:
דעת נוטה - ליקוט תשובות הלכתיות לפי סדר המשנה ברורה, בתוספת הערות והבהרות מהרב קניבסקי וכן מראי מקומות לפוסקים אחרים שהוסיף צוות עורכים בראשות בנו הרב יצחק שאול. יצאו לאור ארבעה חלקים, תשס"ט-תש"פ. ההערכה היא שהסדרה תכלול כעשרה כרכים
דרך שיחה - שאלות במגוון נושאים על סדר פרשיות השבוע מאת תלמידו הרב אליהו מן (על פי שיחותיו עם הרב קניבסקי מדי סעודת ליל שבת), תשס"ד
שמעה תפילתי - ביאורים על סדר התפילות המבוססים על תשובותיו לצבי יברוב, בני ברק תשס"ח
מדרש נח - ליקוט מגמרא ומדרשים על נח, עם ביאור "תיבת נח", בני ברק תשע"ח.
בשנת תשע"ב יצא ספר בשם "מאחורי הפרגוד" ובו דברי תורה ואמרות בנושאים שונים, ממנו ומהרב שטיינמן. בנוסף, מדי שבוע יוצא עלון שבת בשם דברי שי"ח ובו תשובות ודברי תורה ממנו ממהלך השבוע החולף.
פעם בשבוע מופץ מטעם ביתו עלון "בדרכו אמונה" באלפי עותקים[דרוש מקור]. בנוסף, דברי תורתו מופצים בקו נייעס יומי בשם "דרך אמונה".
הרב קניבסקי נוהג לחתום על ספריו בראשי התיבות שי"ח בהגרי"י (שמריהו יוסף חיים בן הגאון רבי יעקב ישראל).