יש בביאור הגר"א על משלי (כמדומה על הפסוק "עַיִן תִּלְעַג לְאָב וְתָבוּז לִיקֲּהַת אֵם". ל' י"ז) שישנם בתורה מצוות שנראות כסותרות, מצות כיבוד אב, רחמים, מצות שילוח הקן, אכזריות, ע"ש. ובאמת כך עולה גם מתיקו"ז (כמדומני) על הענין של הבכי של היונה אחר השילוח שמעורר את השכינה וכו'.
אמנם על דרך הפשט הוי להיפך ממש, וכך מפורש במשנה בברכות "האומר על קן ציפור יגיעו רחמיך משתקין אותו", ומבואר שעיקר המצוה עניינה בפשטות רחמים (בענין משתקין אותו, נחלקו הראשונים, או כיון שלא זה כל ענין המצוה אלא יש בכך גם חוק, או בגלל שאין מטרת המצוה רחמים על היונה עצמה, אלא לתקן את האדם שיתנהג ברחמים וחמלה. ע"ש). וצ"ע.